La Hacienda San José hace parte del programa de mejoramiento genético ganadero Cia. De Melhoramento, que comenzó en Brasil en 1995. En este, todos los animales pasan por una evaluación genómica y fenotípica donde solo el 20% superior del rebaño evaluado en el periodo que comprende desde el 1 de julio hasta el 31 de mayo de cada año, recibe un registro CEIP (Certificado Especial de Identificación y Producción), otorgado bajo la estricta tutela y auditado por el MAPA (Ministerio de Agricultura, Pecuaria y Abastecimiento de Brasil).
http://www.ciademelhoramento.com.br
El 70% de los resultados de la evaluación de la genética ganadera, son producto del análisis de genotipo y el 30% restante corresponde a evaluaciones fenotípicas para conservar la armonía de la raza Nelore. Los resultados de este programa son enfocados hacia la precocidad de desarrollo y reproductiva, fertilidad, temperamento del ganado, y próximamente a la calidad de la carne. Los datos del rebaño evaluado son administrados por GenSys, una compañía independiente, responsable por el análisis bajo estrictos criterios científicos que determinan las características que este rebaño transmite a las nuevas generaciones.
Todo el ganado es evaluado bajo una serie de parámetros y cada ejemplar recibe un score que puede llegar a una calificación final de 25 llamada ICia (índice Cia.), otorgada según las cualidades de cada animal. Cuanto mayor sea el puntaje, mejor será la calidad.