El manejo del rebaño en la finca, en los corrales, durante el arreo, y en el potrero, establece actividades de bienestar para el manejo del ganado; se hace en silencio, se orienta a las reses con banderas, señas, y sin gritos ni golpes, pues aquí la clave es brindarles un nivel de vida extraordinariamente cómodo y sin estrés, que es fundamental para tener los más altos niveles de calidad en la producción de carne, al igual que eficiencia reproductiva. Este manejo incluye el tamaño y diseño de los potreros, las zonas de recreo con la mejor calidad y disponibilidad necesaria de agua en los bebederos, y un adecuado suministro de suplementos mineralizados en los saladeros y comedores para ganado. Los caminos, las cercas, los corrales para ganado, el transporte, el arreo, los más estrictos protocolos vacunales preventivos, las estaciones de monta, y la calidad de captación de datos en cada cría de ganado. Para cada uno de estos aspectos, indispensables en una hacienda ganadera, hay diseños, protocolos y procesos rigurosos basados en los más avanzados estándares de la ganadería en Colombia. El ganado debe estar cómodo todo el tiempo, por ello el personal de la Hacienda San José, está en constante capacitación para las diferentes labores.